Çok eski bir yerleşim yeri olarak, Havran'nın bilinen ilk ahalileri Lelegler ve Pelasglardır. M.Ö.546 'da Lydia Devleti, Persler tarafından yıkılınca Havran Bölgesi de Pers egemenliğine girdi. M.Ö. 334 ilkbaharında Makedonyalı İskender ile Persler arasındaki savaştan galip çıkan İskender tüm Mysia Bölgesi 'nin ( Uludağ ile Kaz Dağları arasındaki bölge) hakimi oldu. M.Ö. 283 yılında kurulan Bergama Krallığı, bu bölgede hakimiyet kurdu.

1071 Malazgirt Zaferinden sonra Türklerin eline geçmiştir. 1175 de Eskişehir Ovası'nda toplanan 100.000 Türkmen hiç bir sultandan emir almadan Muğla, Denizli, Bergama ve Edremit havalisine gelerek kıyı kentlerine yerleştiler. Bölgedeki dağlardan birine adı verilen Eybek Bey de bu akının içinde yer almıştır..

1280 de Danişmend soyundan geldiği için bölgedeki Türkmenler tarafından büyük hürmet gösterilen Karesi Bey, kısa sürede bölgede hakimiyet kurdu. Böylece bölge kesin olarak Türklerin eline geçti.

1402 Ankara savaşında Osmanlı ordusu yenilip geri çekilince Timur'un askerleri Bursa'ya girerek hazineye el koydu. Kazdağları'na saklanan Osmanlı askerlerini ele geçirmeye çalışan Timur'un torunlarından Şeyh Nurettin Mahmut emrindeki orduyla, bunları izleyip Havran'a geldi. Ele geçiremeyince de yıllardır barış içinde yaşayan ve zenginleşen Havran ve çevresini talan edip, yakıp yıktılar. Tahribat öylesine büyüktü ki, 1890'lara kadar Osmanlı belgelerinde Havran bölgesi; 'Viraneli' kaydolundu. Daha sonraları onarılarak güzelleştirilen şehre 'Huriler Diyarı' anlamına gelen HAVRAN ismi verilmiştir.

Antik dönemde Havranın adının ' Aureline' altın ülkesi olarak anıldığı söylenir. Altının simgesi olan Au, Latince ' Avrum' dan gelmektedir. Havran isminin zamanla Aureline' den 'Altın ülkesinden gelme' ihtimali de oldukça yüksektir.

Osmanlı döneminde Havran Bölgesi, Edremit kadılığına bağlı büyükçe bir köy (kariye) durumunda kalmıştır. Çanakkale Zaferinin kazanılmasında büyük katkısı bulunan ve 276 kg top mermisini kaldıran Koca Seyit Onbaşı ile yine bu savaşta kahramanca mücadele eden Ömer Çavuş Havranlıdır.

I.Dünya Savaşı sonrası Milli Mücadelede Havranlılar, Edremit Kuvâ-yi Milliye Teşkilatına bağlı olarak kurulan Havran Heyeti ile yer almış, Havran bölüğü ile Ayvalık cephesinde 172. Alay Komutanı Ali ÇETİNKAYA komutasında diğer körfez halkı ile birlikte düşmana karşı mücadele etmişlerdir. Buna rağmen 30 Haziran- 1 Temmuz 1919 gecesi Havran'a giren Yunan birlikleri, 6 Eylül 1922' de Balıkesir' i kurtaran Milli Müfrezenin Balya üzerinden körfez bölgesine hareket eden bir kolu tarafından 8 Eylül 1922' de Havrandan çıkarılmışlardır.

Havran 1 Nisan 1957 yılında 7033 sayılı kanunla İlçe olmuş, bu kanuna binaen 1959 yılında İlçe teşkilatı kurulmuştur.